設計の公差の表記について

設計については全くの素人ですが、簡単なものの図面作製を依頼されました。 そこで公差の決め方が分からないので教えていただけますでしょうか。 基準寸法を100として公差を±2とするのと、99にして公差を+3、-1にするのではどのような違いがあるのでしょうか。どちらの場合も許容範囲は98～102で同じになるような気がするのですが。 使い分ける時の判断基準があれば、それもあわせて教えていただけると幸いです。